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(1)去氨硝化菌能將魚類所排放的氨轉成毒性較小的亞硝酸鹽,而去亞硝酸硝化菌則負責將亞硝酸鹽再轉成毒性更小的硝酸鹽,硝酸鹽必須由換水的方式移除,像硝化細菌這類的細菌再作用時需要消耗水中的氧氣所以也稱好氧菌.
＊大量硝化菌的生長,會造成硝化菌及魚隻增奪氧氣,水缸的氧氣一減少,魚隻會浮頭,而硝化菌也會大量死亡,此時應該要加強打氣,提高溶氧量,一般這種情況,都是加入大量的硝化菌才比較容易發生.
＊良好的生化系統(硝化菌)將氨→分解成亞硝酸鹽→再次分解成硝酸鹽→硝酸鹽累積→PH下降→更換水質

(2)脫氮菌(厭氧菌),能將硝酸鹽轉成氮氣再排出水缸外,如此兩組循環便可構成一個完整的生物過濾,不過,此厭氧菌很難在水缸中生活,因為厭氧菌的特性是生長或繁殖時,並不需要處於含氧氣的環境下,而絕對厭氧菌則無法存活於有氧環境,需人工添加,過濾水流要慢才能培養.

(3)光合菌是透過光合作用產生的細菌,主要功能為除臭,降低有機質含量及去除硫化氫.

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